Труды Дерюгина были отмечены многочисленными научными наградами. В их числе золотая медаль Петербургского общества естествоиспытателей; премия имени Ильенкова; большая Макарьевская премия Российской академии наук за исследования на Баренцевом море (1917); премия Народного комиссариата просвещения; медаль имени Литке (1925). Он был почетным членом общества естествоиспытателей (в Петрограде — Ленинграде) и пожизненным членом Линеевского общества в Лионе (Франция).